敦睦舰队截至昨（21日）已有27人确诊，让外界质疑是不是政府沟通不良造成防疫破洞，甚至传出有部会因为指挥中心非一级开设，因此不一定听从中央流行疫情指挥中心命令。指挥官陈时中21日针对针对媒体询问「外界质疑政府沟通出问题」、「有部会不听中心指挥」回应，「好像大家都不喜欢我这个指挥官」，让他感觉「有点伤心。」
陈时中表示，敦睦舰队官兵感染事件上演后，指挥中心已经列出700多名接触者，数量让地方政府也相当焦虑，至于最初的感染源头来自何处，目前正回溯找出是否有无症状感染者，未来获得更多讯息后，希望以较科学的方式厘清感染源。对于是否进行普筛，陈时中表示，有待与相关专家讨论，因为社区里没有感染源，假设船上的人都没问题，在封闭环境中并不会突然生出病毒，像先前做的苍蝇实验，「没有来源的话」不会生出相关病菌，所以还要搜集更多资讯，将依各种证据随时做出政策改变。
敦睦舰队700多人遍及全台各地，让民众担忧是否引发社区感染．指挥中心指出，日前已规划3阶段「阻绝社区传染」整备方案，分为第一阶段过渡期、第二阶段警戒期、第三阶段管制期（封城），过渡期是指社区若有未明感染源，将针对公共场所加强查核，台湾目前在第一、二阶段之间。由于人口密度不同，已订相关准则和各部会商讨，之后将交给地方政府研拟最适合的做法。
4/21疫情指挥中心记者会：
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